Bevor es das Kloster Stuben gab, wohnte auf der Insula der reiche, vornehme und fromme Mann Egelolf. Durch besondere Fügung vermachte er ein kleines Burghaus mit Kapelle und Hof, Weingärten und sonstigen Besitz der Kirche dergestalt, dass dort ein Kloster erbaut wird, in welchem seine Tochter Gisela mit anderen Jungfrauen und Witwen aus dem Adel nach den Regeln des hl. Augustinus den Schleier nahmen. Gisela war die erste Meisterin.

Der Abt Richard von Springiersbach, dem die Stiftung unterbreitet wurde, leitete den Klosterbau und ließ mit den vorhandenen Mitteln nebenan eine dem hl. Nikolaus geweihte Kirche errichten. Die Stiftung bestätigte der Trierer Erzbischof Albero als Legat des Papstes Innocenz II. im Jahre 1137. Er befreite das Kloster von Vogteirechten. Die Stiftung wurde dem Abt Richard von Springiersbach zur Hut und weiteren Entwicklung unterstellt. Gleichzeitig wurde bestimmt, dass die Zahl der Nonnen, die allesamt aus dem Adel zu kommen hatten, auf höchstens 100 eingeschränkt ist.

Diese Einschränkung lässt erkennen, wie stark in der ersten Hälfte des 12. Jahrhunderts der Andrang von Frauen des Adels gewesen ist, in ein Kloster einzutreten. Dies kann damit im Zusammenhang gebracht werden, dass viele Kämpfer aus dem Adel aus der Trierer Land in den Kreuzzügen mitwirkten und nicht mehr heimkehrten, wodurch viele Adelstöchter unverheiratet blieben und den Schleier nahmen. Auch schon Kinder wurden vorsorglich von den Eltern ins Kloster Stuben eingewiesen.

So kann auch vermutet werden, dass die in Neef residierenden Grafen von Sponheim Mitinitiatoren an der Klostergründung waren, da sie immer wieder in den ersten Stubener Urkunden in Erscheinung treten und das Kloster Stuben zum Gericht Neef gehörte.

Zur Verbesserung der Wirtschaftlichkeit schenkte 1140 Erzbischof Albero die Kirche von Neef nebst Gefälle und Einkünften. Es war dies die Peterskapelle auf dem Berge. Auch die Erzbischöfe Hillin, Arnold und Johann machten beträchtliche Geschenke an das Kloster. Anno 1160 bestätigt Erzbischof Hillin von Trier den Vertrag, wonach der Abt von Springiersbach für das Kloster Stuben von der Abtei Arnstein a. d. Lahn Weinberge, Äcker und Wälder, sowie den Zehnten eines bestimmten Bezirks in Neef und Bremm für 80 Mark gekauft hat. Der Wert dieser Güter muss wegen der hohen Kaufsumme erheblich gewesen sein.

1179 verzichten Hermann von Arras und sein Bruder auf das Recht, den Hof des Klosters Stuben zu Dünchenheim am Vorabend des Marienstages mit vier Reitern zu besuchen und ein Abendessen und Frühstück daselbst zu begehren, weil dies vom Abte zu Springiersbach missbilligt wurde. Jene Ritter von Arras belästigten auch das Kloster. Unter dem Vorwande der vogteilichen Aufsicht belagerten sie wochenlang dessen Höfe. Es bedurfte vieler Mühe, sogar des Kirchenbannes, ihm endlich Ruhe zu verschaffen.

Im Jahre 1208 erfolgte die Schenkung des Ritters Heinrich von Ulmen mit dem Sanktuarium des hl. Kreuzes und anderen Reliquien, zugleich stiftete derselbe zu seinem und seiner Frau Irmgard Seelenheil ein Anniversar mit ½ Fuder Weinrente aus seinem Allod zu Aldegund.

Dieses Reliquiar kam 1204 bei der Plünderung von Konstantinopel durch die Kreuzfahrer in die Hand des Ritters Heinrich.

Zur Aufbewahrung und Verehrung derselben wurde eine neue Kapelle gebaut.

Erzbischof Heinrich von Trier erteilt dem Kloster Stuben 1275 für den Neubau ein Ablassprivilegium. Die Reliquien veranlassten einen großen Zulauf und brachten dem Kloster reiche Opfer ein. In drei Sommermonaten des ersten Jahres betrugen die milden Gaben über 450 Goldgulden, eine gewiss damals bedeutende Summe.

Von einer wunderbaren Heilung berichtet der große Chronist Cäsarius von Heisterbach. Als er am Allerseelentage des Jahres 1208 mit seinem Prior auf der St. Nikolaus-Insel Stuben war, sahen er dort ein Mädchen, welches vor seiner Ankunft besessen und durch die Wohltat der Reliquien geheilt worden war. Zudem überliefert Cäsarius von einer Nonne, welche den Vorläufer des Herrn besonders verehrt hat; von einer Nonne, welche am Glauben zweifelnd sich in die Mosel stürzte; und vom dicken Propst Florinus, welchem ein Stückchen Fleisch in die unrechte Kehle gekommen ist, woran er fast erstickt wäre, was von den Nonnen als eine Strafe für den Ungehorsam des Propstes gesehen wurde.

Es gibt zudem noch weitere Überlieferungen aus jener Zeit, die vermutlich cäsariusschen Ursprung haben. So wird berichtet, weshalb die Tochter des edlen Spenders Egelolf den Schleier nahm; wie der hl. Bernhard die Nachtigallen von der Abtei Himmerod nach Stuben verbannte; wie die Elsa von Treis in das Kloster gezwungen wurde; und vom Einsiedler Walther, der eine arme Braut aus den Kralle eines elenden Raubritters befreite und die Gunst der Klosters besaß, wo er auch beerdigt wurde. Dann gab es später auch noch den originellen Eremiten Heinrich, den man wegen seines behaarten Körpers auch „Bruder Haarig“ nannte. Er lebte, wie Einsiedler Walther, ebenfalls in der Eremitage nahe des Klosters und wird als Frohnatur und Genießer des Weines beschrieben. Gar oft soll er im Kloster eingekehrt und willkommen gewesen sein – so überliefert von unseren Ahnen. Von dem Einsiedler Udo sind wenige Einzelheiten überliefert. Man weiss nur, dass es ihn gab.

Auch durch eingebrachte Mitgifte aufgenommener Nonnen, Vermächtnisse und sonstige Schenkungen vermehrte sich das Vermögen des Klosters im Laufe der Jahre erheblich. Festgehalten sind Wingerte und Güter in Senheim, ein Wald Laer bei Dünchenheim, ein Hof zu Lösenich, die Kapelle zu Dünchenheim, Wingerte, ½ Fuder Weinrente, sowie auch einen jährlichen Zins von einem halben Ohm Wein aus Aldegund, Güter zu Neef, Bullay, Bremm und Kastellaun, Gülten und Renten in Poltersdorf, Weinberge in Ediger, den Schmitthof bei Alflen, Güter in Spey und Poltersdorf, den Zins aus einem Wingert bei Valwig, Güter zu Ernst, Eulgen, Gammeln, Urschmitt, Faid, Kennfus, Gappenach und Kehrig; jährlich 20 Talente Pfunde Oel aus Gütern zu Poltersdorf und Wingerte zu Eller und Dünchenheim.

Als besonders großzügige Schenker traten die Herren auf Monreal auf. Die Ritten von Ulmen und von Sponheim standen jenen von Monreal nicht viel nach. Als Spender trat auch Johann von Eltz auf. Er vermachte den Stubener Nonnen (neben anderen Klöstern an der Mosel) ein Ohm Wein, welche jedes Mal am Tage seiner Gedächtnisfeier zum Morgen- und Abendtrunke der Klosterfrauen sollte verwendet werden. Dem Kaplan war dabei aufgegeben, ihnen vorzutrinken. Erzbischof Johann hatte diesem Tun eingewilligt, da die damaligen Frauen gesund und kräftig waren und einen solchen Überreiz wohl vertragen konnten. Geht man davon aus, dass 1 Ohm 163 Ltr. ausmachte, dann hatten 40 Nonnen, mehr dürften zu dieser Zeit nicht im Kloster gewesen sein, je 4 Ltr. Wein zu trinken.

Trotz all der Vermögenszugänge wird schon früh in der Klostergeschichte von einem Notstand berichtet, sodass Erzbischof Theoderich von Wied 1224 sich veranlasst fühlte, alle Gläubigen seiner Diöcese zu milden Beiträgen für das Kloster Stuben aufzurufen, weil mangels an Lebensmitteln das Personal dortselbst nicht mehr ernährt werden könne.

Erzbischof Balduin stiftet 1346 eine Memorie und setzt am 29. August im Jahre 1352 die Zahl der Klosterfrauen von 40 auf 30 herab. Er stellt fest, dass andauernde Missernten und sonstige Ursachen der großen Anzahl von Nonnen ein hinreichender Unterhalt nicht mehr gewährleistet ist und er daher auf Bitten der Meisterin und des Konvents sich zu genannter Reduktion veranlasst sehe. Dieser durch seine Taten und sein bewegtes Leben bekannte Erzbischof Balduin war eine besonderer Freund dieses Klosters. Er pflegte auf seinen Reisen zwischen Coblenz und Trier gewöhnlich dort einzukehren. Zu dieser Zeit ließ Balduin die gefahrenvollen Uferpfade bei Stuben, Bremm und Neef so erweitern, dass ein bepacktes Pferd oder ein beladener Esel passieren konnte, wo zuvor kaum ein unbeladenes Pferd hatte geführt werden können. Dabei beobachtete der Erzbischof die Arbeiten und beschenkte das Kloster mit Kirchengeräten. Als er in der Starkenburg von Gräfin Loretta gefangengehalten wurde, besuchte ihn die Äbtissin von Stuben. Schließlich hat Balduin auch das Kloster in seinem Testament bedacht.

Nichtsdestoweniger sehen wir die Güter des Klosters von Jahr zu Jahr weiter wachsen. Es erwirbt einen Zehnten von den Gütern des Ritters von Buch in Neef und Bremm, und zwei Wingerte im letzteren Ort und in Senheim, Weinrenten zu Aldegund, Eller und Ellenz, Kornrenten zu Polch, eine Mühle in der Ellerbach, zwei Stück Land in Senheim, einen Hof in Düchenheim, und dies alles in den Jahren 1351 – 1387. Außerdem finden wir zu Ende des 14. Jahrhunderts eine Reihe von 18 verschiedenen Rentenverschreibungen des Klosters vor. Erzbischof Cuno versucht die Einnahmen des Klosters dadurch zu verbessern, dass er 1374 dem Nonnenkloster das ausschließliche Recht des Weinzapfs auf der Neefer Kirmess verleiht. So stand denn die Pfarrei Neef unter dem zweifelhaften Schutz des Nonnenklosters, welches nie den Ruf einer strengen Ordenszucht genossen hat. Vermutlich war mit dem Schankrecht die Gelegenheit gegeben worden, auf der Neefer Kirchweih den schlechten Wein, den die Nonnen selbst verschmähten, gegen gutes Geld loszuwerden.

Interessant ist auch eine weitere Urkunde aus dem Jahre 1393 vor Schöffen und Gericht zu Reil. Der Neefer Graf Johann von Sponheim hatte das Recht des Klosters annulliert, mit vier Eseln Brennholz aus dem Condelwald zu holen und ihm die dafür zu entrichtende Tonne Heringe zu erlassen. Heringe hatten einen besonderen Wert. Eine Tonne kostete zu dieser Zeit acht Gulden, während eine Kuh 5 ½ Gulden kostete. Die Nonnen konnten vermutlich den Preis zum Kauf der Heringe nicht mehr aufbringen.

Am 13. Oktober 1511 erließ der Trierer Erzbischof Richard von Greifenklau eine Reformverordnung, die ein Licht auf die Verhältnisse in Stuben wirft. Aus der Einleitung geht hervor, dass entstandene Irrungen die Visitation nötig machten. Den Schwestern wurde befohlen, Frieden untereinander zu halten und bis zum nächsten Allerheiligenfest eine Meisterin zu wählen. Offensichtlich war man wegen dieser Wahl zerstritten. Strenge Aufsicht tue dem Kloster Not, heisst es, damit ein ehrbar, göttlich und züchtig Wesen gehalten werde. Bemängelt wurde die Vernachlässigung des Chordienstes und der Regeln des Gemeinschaftslebens. Die Schwestern lebten in separaten Wohnungen, stellten Mägde ein und betrieben sogar eigene Viehhaltung. Es bestand weder ein Dormitorium noch ein gemeinsamer Speisetisch. Da es auch kein Gästehaus gab, fanden Besuche in den Privatwohnungen der Schwestern statt. All diese Missstände wollte der Erzbischof behoben wissen. Vieles spricht dafür, dass Rivalität und Zwietracht ein Dauerzustand unter den Schwestern in Stuben war.

Auf einer Landkarte aus dieser Zeit ist im Bereich des Kloster ein Ort Zurshobon eingetragen. Die Klosteranlage bestand neben der Kirche aus einer Ansammlung kleinerer Wohnhäuser, in denen auch die Beschäftigten des Klosters gewohnt haben dürften.

Als Kaiser Maximilian I. im Jahre 1512 die Mosel herunter fuhr, hielt er sich auch einen und eine halben Tag zu Stuben auf, um seine Andacht am Altare des hl. Nikolaus in der dortigen Klosterkirche zu verrichten. Vom gleichen Jahr wird auch berichtet, dass der Erzbischof Richard von Trier dem Kloster Stuben erlaubt auf der Mosel eine Schiffmühle zu bauen.

Am 15. Oktober 1513 schärfte der Springiersbacher Abt den Stubener Amtsträgerinnen ein, ihr Amt gut auszuüben, damit man es ihnen nicht nehmen müsse. Die Priorin hat für den Gottesdienst, die Einhaltung des Chorgebets und die Erbauung der Schwestern zu sorgen. Die Küsterin soll die Kleinodien bewahren und zur rechten Zeit zum Chordienst läuten. Die Sängerin verwahrt die Bücher im Chor und stimmt den Gesang an. Die Kellnerin ist zuständig für das Essen und die Bekleidung; sie soll eine Magd haben, die den Tisch deckt. Sie nimmt auch die Einkünfte des Klosters in Empfang und führt ohne Heimlichkeiten und private Vorteilnahme darüber Buch. Die Meisterin und die Kellnerin sorgen für die Kranken. Da die Zahl der Schwestern klein ist, sollen Kinder ins Kloster genommen werden, die beim Gottesdienst dienen.

Sodann erfolgte im Jahre 1515 als wichtiges Ereignis die Versetzung der Klosterfrauen vom aufgelösten Kloster Marienburg nach Stuben. Die Entfernung der Nonnen von Marienburg geschah, weil diese damals zur Verteidigung des Landes in eine Festung verwandelt wurde.

1529 verbietet der Trierer Bischof den Nonnen während der Fastenzeit Butter und Milchspeisen zu essen und erlaubt aus Ersparnisgründen, statt der weißen Röcke für die gewöhnliche Zeit solche in schwarz zu tragen. Diese Zeit gerade scheint überhaupt eine karge für die Klosterfrauen gewesen zu sein, denn es liegt ein notarieller Akt vom 10. Mai 1537 vor, worin bestimmt wird, dass jede zur Meisterin gewählte Jungfer dem Convent jährlich zwei Fuder Wein aus der gemeinen Rente zur Steuer der Kleidung und außerdem jeder Nonne ein Paar Sohlenschuhe geben soll. Im Jahre 1568 gestattet der Abt Caspar Schutzpar von Springiersbach, genannt Milchling, dem Conventualinnen zu Stuben die freie Wahl eines Beichtvaters.

Immer mehr erschlaffte die Ordenszucht. Zeiten, Menschen und Sitten waren anders geworden. Die Nonnen hielt es nicht mehr in den Klostermauern. Die Männer drangen in die Klausuren ein. Der Abt von Springiersbach, namens Daniel, erschien auf Befehl des Trierer Bischofs zu einer Visitation. Er erlässt nun laut Urkunde vom 10. August 1640 Statuten, worin er bei Strafe gebietet und befiehlt, die Ceremoniales der Kirche zu halten und dass man pünktliche zu Tisch im Refektorium erscheine. Wenn Gäste kommen, solle man nicht entarten. Abends sollen die Gäste auswendig des Klosters schlafen gehen. Keine Nonne soll eine eigene Magd oder eigenes Vieh halten. Die Nonnen sollen ihre geistliche Kleidung nach der Regel tragen und nicht Kleider aus Samt oder Seide. Es soll der Meisterin Reverenz, Ehr und Gehorsam bewiesen und jährlich Rechnung gelegt werden. Verboten wurde das Umschweifen auf dem Lande, um keine Skandale und kein Ärgernis für die Geistlichkeit zu bringen. Ohne Vorwissen der Meisterin wurde nicht erlaubt, sein Freunde zu besuchen. Auch soll am Tage keine der Jungfrauen außer der Klausur gehen ohne Erlaubnis der Frau Meisterin. In jedem Jahr sollen diese Statuten zweimal vorgelesen werden. Wenn man bedenkt, dass meist Töchter hochadeliger Familien den Konvent zu Stuben bildeten (z. B. Maria Catharina von Eltz als Priorin und Ottilie Anna von Ahr als Meisterin), welche sich schwerlich unter die Klosterzucht beugten und wenig dem Verkehr mit der Welt entsagen konnten, so lässt sich die Einschärfung der Disziplin leicht erklären.

Als besondere Wohltat wird die Memorie der Novizin Margaretha Catharina von Soetern, welche mit 1000 Talern eine Memori stiftete in den Annalen von Stuben erwähnt.

Der für Neef zuständige Pfarrer war im Kloster Stuben, das ja für den Ort die Kirchenhoheit besaß, untergebracht. Zum Unterhalt des Geistlichen hatten die Neefer Bürger den Zehnten zu zahlen. Dieser bestand 1569 aus zwei Fudern Wein, sieben Maltern Korn, vier Sestern Hafer, einem Sester Erbsen, einem Sester Salz, zwölf Wagen Holz und drei Paar Schuhen im Jahr. Zu Anfang der Fasten erhielt der Kaplan zusätzlich 50 Heringe, vier Quart Öl, vier Quart geschmolzene Butter und einmal in der Woche ½ Quart Hirse „ .. vor etwa einen Pfannen Kuchen zu machen“. An Sonn- und Feiertagen wurde er vom Kloster beköstigt, von dem er auch im Herbst zwölf Sester Most und zu Neujahr zwei Lebkuchen erhielt. Weiter hatte ihm der Klosterbäcker das Brot zu backen und auf dem Acker des Klosters durfte er ein Schwein halten.

Schon lange waren die Klosterkirche und die angebaute Kapelle zur Aufbewahrung der Reliquien baufällig geworden. Am 30. Januar 1685 erteilte Kurfürst Hugo von Trier auf Ansuchen der Meisterin und des Konvents zu Stuben die Erlaubnis zum Abbruch. Nach 2 Jahren war der Bau der neuen Kirche, wovon die Ruine heute noch steht, fertig und wurde am 14. Oktober 1687 durch Weihbischof Johann Philipp Burkardt geweiht. Die vorhandenen Reliquien fanden ihren Platz wieder in den Altären. Die Meisterin Maria Ferdinanda Freiin von Maffey de la Serre stiftete jährlich zwölf Messen und schenkt zu dem Zweck dem Kloster 100 Taler. Dieser Betrag wurde umgehend dem Metzger bezahlt für noch nicht bezahlte Fleischlieferungen.

In den Kriegen, welche im 16. und 17. Jahrhundert die Moselgegend so hart mitnahmen, mussten die Nonnen mehrmals flüchten. Die Zucht verfiel immer mehr. Die Zwistigkeiten unter den Nonnen störte die Ruhe des klösterlichen Lebens. Dadurch, und wegen andauernder Misswirtschaft sank der Wohlstand des Klosters, trotz der Jahrhunderte hindurch zugewandten Vermögensteile aus dem gesamten Umfeld. Da ward auch ein Vermächtnis im Jahre 1724 durch die Meisterin Anna Elisabeth Gräfin Elter von 2000 Taler Luxemburgisch und weiteren 6000 Taler bald zerronnen wie auch ein weitere ansehnliche Schenkung von Witwe Maria Johanna von Maffey. Kurfürst Clemens Wenzeslaus, dem die Reformation der Klöster am Herzen lag, fand sich genötigt, um 1780 dem vorgesetzten Abt zu Springiersbach die Weisung zu erteilen, zu Stuben die äußeren Eingänge zum Dormitorium sofort schließen zu lassen, und sowohl Verwandten und Freunden zum Dormitorium, sowie auch den Nonnen die Sparziergänge zu ihren Verwandten zu untersagen.

Eine Visitation im Jahre 1784 ergab für Stuben wieder traurige Resultate. Die damalige Meisterin, Ferdinande von Maffey, hatte durch ungerechte und parteiische Mitschwestern Hass, Neid und Zwietracht unter diese gesät, so dass die gegenseitigen Erbitterungen in Schmähungen ausarteten. Der geistliche Rat von Pidoll wurde mit nochmaliger Revision des Klosters namentlich in Betreff der Finanzwirtschaft aufgefordert, und als diese wiederum zu Ungunsten ausfiel, kam der Entschluss des Kurfürsten Clemens Wenzeslaus, das Kloster 1788 aufzugeben und es in ein freies Damenstift umzuwandeln. Jedem Fräulein wurde eine Pension von 450 Gulden ausgesetzt. Nach dem letzten kurfürstlichen Hofkalender von 1794 war damals in Stuben keine Äbtissin mehr, sondern der geistliche Rath Arnoldi wurde als „gnädig angeordneter Commissarius“ an die Spitze gestellt. Zuvor schon, im Jahre 1788, wurde die Staurothek in den Trierer Domschatz, sodann zum Schutz vor den einrückenden Franzosen zuerst auf die Festung Ehrenbreitschein gebracht. Später kam sie in die Herzoglich Nassauische Schatzkammer in Wiesbaden. Im Jahr 1827 schenkte Herzog von Nassau das Sanktuarium dem Dome zu Limburg. Als die Franzosen einrückten, mussten die Stiftsfräulein flüchten und begaben sich meist auf das rechte Rheinufer.

Als im Dezember 1792 Clemens Wenzeslaus zur Finanzierung des Krieges gegen Frankreich im ganzen Land das nicht mehr benötigte Kirchensilber einschmelzen ließ, bestimmte hierfür Arnoldi auch die Silbergeräte aus der Sakristei der ehemaligen Abtei. Alles andere Inventar von Stuben, zu dem auch immerhin 131 Fuder Wein gehörte, wurden versteigert.